A história foca no desafio de Link tentando prevenir que Hyrule seja tomada por uma dimensão paralela totalmente sombria, o Twilight Realm. Para conquistar seu objetivo, ele toma tanto a forma Hylian quando a forma lobo. Ele também recebe a ajuda da misteriosa criatura chamada Midna. O enredo se passa na mesma linha do tempo dos eventos de The Legend of Zelda: Majora's Mask.
O jogo apresenta nove masmorras, e Link navega pelas por elas e luta com um chefe no final de cada uma, a fim de obter um item ou avançar o enredo. As masmorras estão conectadas por um grande mundo, que Link pode percorrer a pé, em seu cavalo Epona, ou se teleportando para um dos vários pontos.
