Em Ace Combat 04 Shattered Skies o jogador assume o papel de Mobius 1, um piloto de caça de elite. Mobius serve as Forças Aliadas dos Estados Independentes, também conhecida como ISAF. O jogador participa da primeira guerra continental contra os Erusea’s e seu arqui-inimigo Yellow 13. A principal função do jogador é acabar com esta guerra e derrotar seu vilão.
A jogabilidade de Ace Combat 04 é muito volátil, permitindo o jogador comprar 21 aviões diferentes, sendo que cada um possui atributos distintos e cores alternativas. O jogo contém diversas dificuldades que irão definir suas recompensas ao finalizar o nível, sendo possível ganhar mais dinheiro e possibilitando a compra de novos aviões e armas.
