Sua missão é eliminar 9 personagens responsáveis pela terceira cruzada, devendo passar pelas cidades de Damasco, Jerusalém e Acre. Para que Altaïr tenha sucesso, ele deve usar varias armas como espadas, bestas e facas, assim como destreza e agilidade para escalar edifícios, fugir de cruzados, e até mesmo ser cuidadoso o suficiente para se esconder nos momentos mais difíceis.
Um aspecto fundamental do jogo é a inteligência artificial, capaz de ilustrar a interação entre as pessoas na rua, mantendo características individuais. As pessoas poderão reagir de varias maneiras de acordo com suas atitudes, ou seja, ao matar um guarda, alguns o perseguirão até que você esteja morto e outros fugirão.
