Inspirado no especial de televisão de uma hora de 2003, estrelado pelo mentor da Nickelodeon, The Adventures of Jimmy Neutron encontra jogadores em uma missão para resgatar o espião favorito do menino gênio, Jet Fusion. Parece que o diabólico Professor Calamitous raptou o agente secreto em uma Retroville recentemente remodelada. Para salvar o mundo e o seu admirado agente, Jimmy Neutron deve mais uma vez recorrer ao seu arsenal de dispositivos engenhosos para avançar através de desertos, mares e florestas. Além de pular plataformas, enfrentar inimigos e resolver quebra-cabeças, os jogadores poderão assistir a clipes do especial de televisão para ajudar no desenrolar da história.
