Na guerra para salvar Sião, que papel você desempenhará? Enter The Matrix lança o jogador como Niobe ou Ghost, capitão e primeiro imediato da nave rebelde Logos, respectivamente. Niobe é uma combatente mestre, capaz de espancar todos em seu caminho. Ela é uma excelente piloto, tanto no mundo real quanto na Matrix. Ghost é muito adepto de armas de fogo, e sua pontaria é uma maestria. Ambos os personagens são muito atléticos e, ao longo do jogo, o jogador terá que andar, correr, pular, metralhar, espiar, correr nas paredes, subir escadas e canos e lutar contra vários inimigos.
As armas disponíveis incluem uma pistola de segurança, uma pistola automática, uma submetralhadora, uma metralhadora, uma espingarda e granadas. Além das armas, uma variedade de movimentos corpo a corpo estão disponíveis, desde socos, arremessos e agarrões até chutes e estrangulamentos. Ao longo do jogo, o jogador será chamado a utilizar movimentos de foco, que é basicamente o bullet time dos filmes. Quando focado, o tempo fica lento, permitindo que o jogador se aproxime dos inimigos, desvie de balas e pule para evitar obstáculos que se aproximam.
O jogo foi escrito e dirigido pelos Wachowskis, e seu enredo está entrelaçado com o do segundo filme, The Matrix Reloaded.
